由于无尘车间臭氧的三氧原子极不稳定，所以净化车间在使用臭氧消毒时，也决定了臭氧的氧化能力很强，杀菌能力很强。臭氧气是一种高效杀菌剂。一般情况下，臭氧的半衰期约为20分钟，当臭氧被氧化消毒后，三十分钟左右，空气中的其他多余氧原子就会起作用，形成氧分子，不会产生任何毒性残留，从而解决了灭菌后的二次污染问题。还有助于提高室内空气中氧气的含量。

它在除霉、除臭、除腥等方面都有很强的有机物气味。在无尘车间，臭氧有助于改善空气质量。如果臭氧在空气中的含量超过一定范围，就会对细菌、病毒和其他微生物的内部结构造成强烈的氧化破坏。在一定浓度和相对封闭的环境中，臭氧扩散速度极快、均匀。只需短短的一小时，就能将车间内的细菌杀灭，同时还能克服紫外线杀菌时会忽略许多死角的问题，从真正意义上做到全程无死角杀菌消毒。

将臭氧通入空调系统进行循环消毒，可减少无尘车间空气中的悬浮粒子，从而提高空气的清洁度，从而延长净化设备的使用寿命。就降低运行成本而言，目前还没有哪种消毒方法可以与臭氧消毒相比。